조운선(漕運船)은 세곡(稅穀)을 운반하는 배로, 고려 초기의 조운선에는 세곡1,000석을 실을 수 있는 큰 배인 초마선(哨馬船)이 있다. 이 배는 남도수군에 12개의 조창(漕倉)을 설치하고 세곡을 경창(京倉)으로 운반하였다. 조선 태종 때에 조운이 본격적으로 재개되어 대량의 조운선이 건조되었고, 세조 때에 신숙주 (申叔舟)가 주동이 되어 평상시에는 조운에 사용하고 유사시에는 군용으로 쓸 수 있도록 만든 겸용선인 병조선 (兵漕船)이 개발되었다.
조선 후기의 조운은 이원적으로 이루어졌는데, 충청도와 전라도 조창의 세곡은 호조 (戶曹) 소속의 조선이 운반하고, 대동미 (大同米)는 훈련도감대변선 (訓鍊都監待變船)과 경강사선 (京江私船) 등 이른바 주교사선 (舟橋司船)이 운반하였다.