방패선의 역할은 적의 공격을 막고, 자신의 포수들이 적을 공격할 수 있도록 하는 것이다. 방패선은 선체 위에 방패판을 세워 적의 화살이나 돌을 막아주는 역할을 했다.
또한 방패선은 전선보다 훨씬 작고 가벼워서 물이 얕은 곳에서도 잘 움직일 수 있었다. 이렇게 방패선은 조선의 수군력을 강화하는 데 기여한 배였다.
조선 시대에는 임진왜란이나 병자호란과 같은 외적 침략에 대응하기 위해 방패선을 활용하였다.
임진왜란 때에는 1592년 7월 8일에 통영에서 일어난 통영대첩에서 이순신 장군이 방패선 12척을 이용하여 왜군의 전함 50여 척을 격파하였다.또한, 병자호란 때에는 1636년 12월 30일에
강화도에서 일어난 강화해전에서 원종 군수가 방패선 13척을 이용하여 청군의 전함 100여 척을 격파하였다.이렇게 방패선은 조선의 해상방어력을 높이는 데 큰 역할을 하였다.