판옥선은 조선 명종 때인 1555년에 일어난 을묘왜변을 계기로 만들었다. 왜구들이 60여 척의 배를 이끌고 전라남도 해남에 쳐들어와 난동을 피우자, 조선 수군은 해상 전투에 대비해 판옥선을 만들었다.
판옥선은 위 갑판(판옥)과 아래 갑판 등 2층 구조로 되어 있었다. 아래 갑판에서는 격군들이 노를 젓고, 위 갑판에서는 병사들이 적선을 내려다보며 공격할 수 있었다. 판옥은 배의 갑판 네 귀퉁이에 기둥을 세우고, 기둥의 사면을 판자로 둘러 가린 다음, 그 위에 판판한 나무를 덮어 만든 옥상을 뜻한다. 판옥선이라는 이름도 판자로 옥상을 만든 배라는 뜻에서 붙인 것이다.